Вологда бере початок у лісистому районі на північний захід від міста Вологди на висоті понад 181 м над рівнем моря.
Сухона починається двома рукавами (власне Сухона та Великий Пучкас) з Кубенського озера на висоті 110,1 м, стік з якого зарегульований греблею з судноплавним шлюзом. У верхів'ях заплава широка; у зв'язку з незначними ухилами навесні через підпор річок Вологда і Лежа спостерігається зворотна течія в Кубенське озеро.
Виток річки на височині Північні Ували в Кічмензько-Городецькому районі Вологодської області, у верхів'ях тече на південь, сильно петляючи (за рахунок цього, по довжині перевищує повноводнішу Сухону, хоча всього на 16 км).
Сухонарка Вологда / Устя